于是乎，
每次见到上条当麻的话都会上前找麻烦，
结果最后两人就发展成了御坂美琴，
经常去找上条当麻报仇，
但是每一次都会被上条当麻敷衍过去的局面。
在这之后，
御坂美琴受到邀请，
前往战斗民族国家的东部巨大购物中心，
参加学院都市和各方机构共同举办的能力演示会，
御坂美琴在那里遇到了新生之光魔法师雷莎等人，
结果御坂美琴被卷入到了巨大阴谋之中，
购物中心和袭击事件，
御坂美琴和雷莎以及新生之光，
全员的帮助下解决了该次事件，
之后御坂美琴回到学园都市，
御坂美琴又回到了和上条当麻找麻烦和对战的生活中去了，
结果上条当麻最后答应御坂美琴和其战斗，
可是上条当麻那糟糕的演技，
让御坂美琴更加发怒，
结果追着上条当麻打了一夜。
结果两天之后，
御坂美琴在大众餐厅装作楚楚可怜的模样，
想要向不良少年套取幻想御手能力的情报的时候，
结果上条当麻以为御坂美琴又被那群不良少年给缠上了，
由于上条当麻本身，
喜欢多管闲事的个性又凑了上去，
御坂美琴再次提出要和上条当麻进行决斗，
于是乎，
在大铁桥上，
御坂美琴使用了自己全部的绝招跟上条当麻进行了两个多小时的战斗，
但是由于上条当麻的能力的缘故，
御坂美琴最终还是无法对上条当麻造成任何伤害，
由于耐力不足的缘故，
御坂美琴不仅累垮了自己还导致了周边大规模的停电，
可以说战斗情况非常的凄惨，
可是这越发的让御坂美琴不服。
在这之后，
御坂美琴解决了木山春生的幻想御手事件，
御坂美琴变成了所有人的焦点，
但是也因此而变得非常苦恼，
在黑子等人的帮助下，
御坂美琴接连破获某个人在注视的事件，
又粉碎了莱夫雷恩的计划，
解救了被用于能力体结晶实验的小女孩。
一直以来御坂美琴听说过自己的DNA被用来制造军事用途的复制人的传闻，
但是由于御坂美琴知道围绕着自己的谣言太多，
所以并没有理会，
并没有把这个谣言当真，
然而直到那一次事件….
第118章奖励：炮姐牌便携核裂变装置！无限充能电磁炮！
御坂美琴为了调查在偏僻的地方可以捡到现金卡的事件，
御坂美琴好奇的跟随着一群不良少年进入了现金卡来源的大楼，
在那里御坂美琴遇到了发放储值卡的人，
从对方的口中得知对方发放现金卡的目的就是为了破坏正在~进行的神秘计划，
御坂美琴根据这件事情联想到自己曾经在医院捐献-过DNA的事件，
所以在此情况下，
御坂美琴为了调查这件事情潜入到了研究所中，
调查量产型能力者计划，
却得知该计划已经冻结，
御坂美琴于是乎，
认为自己已经调查清楚真相了，
便没有理会，
可是结果有一天却在公园之中见到了自己的克隆体9982号，
御坂美琴这时才知道另外一项实验绝对能力者进化计划正在进行当中，
御坂美琴亲眼目睹了自己的复制人9982号被一方通行杀戮的场景，
但是由于御坂美琴的能力和一方通行相差太远，
根本没有办法阻止他，
于是乎，
御坂美琴决定采用袭击计划的相关设施的方法，
来阻止这次实验的进行，
在通过网络攻击消灭掉七成的相关设备之后，
引起了敌人的警觉，
所以御坂美琴决定直接入侵相关设施，
结果在袭击病理解析研究所的时候，
遇到了敌人的袭击，
虽然最后摧毁了这个实验场地，
但实际上核心设施并没有被破坏，
所以御坂美琴潜入到了最后一处相关设施脑神经应用分析所中，
却发现这里已经人去楼空，
御坂美琴以为这一切都结束了，
但实际上这里的所有数据都移交到了他处，
而且这个实验正在秘密进行。
认为自己解决一切的御坂美琴心情非常不错，
在公园遇到被自动贩卖机吞钱的上条当麻的时候，
御坂美琴还主动教导自己省钱小妙招，
但是知道10031号克隆体的出现，
御坂美琴才得知残酷的实验仍然在进行当中，
为了彻底解救这群克隆人，
御坂美琴有了牺牲自己的觉悟，
御坂美琴潜入到了第二十三学区的情报收发中心，
准备给树形图设计者输入错误的信息，
让其做出假预言，
但是在那里御坂美琴竟然意外得知设计者已经被不明热源机会，
残骸也被回收的情报，
御坂美琴失去了扭转计划的最后一步棋，
于是在大铁桥上原本打算牺牲自己拯救一万名克隆体的御坂美琴，
被得知了实验真相的上条当麻赶过来阻止，
御坂美琴被上条当麻说服，
让他自己去解救这些克隆人，
于是在第十七学区的电车编组场，
御坂美琴亲眼目睹上条当麻和一方通行的战斗，
再得到了御坂妹妹等人的帮助下，
通过改变风的方向，
破坏了一方通行最后的招数等离子体，
学园都市最强的一方通行被上条当麻打倒，
而实验遭到冻结，
御坂美琴后来去探望医院的上条当麻，
但是上条当麻却说。