整个脚本依照故事的剧情走向来分割，将电影分割成许多的事件构成。
男主角苏6岁时，和玩伴余娜、余浩、李杰，依次发生了幼儿园血腥画事件、厨房拿刀事件、地窖**电影事件、笔记本记日记事件、精神病院探望父亲事件。不过因为他患有间歇性失忆症，对具体的事件过程，已经记不得了。
苏13岁时，发生了**爆炸事件、接吻事件、烧狗事件、搬家事件。就这样，苏和他儿时的玩伴们分开了，很少联络，只知道余娜和余浩还跟着父亲生活在老地方，李杰因为**爆炸事件，已经精神失常。
而苏答应会回去找余娜，也始终没有回去。
苏21岁时，则发生了约会事件，通过约会时对方翻出的早年笔记本，苏竟然发现自己能够依靠笔记本的帮助，以意识回到过去。第一次，苏回到了烧狗事件，找到了当时遗失的记忆，随后又返回现实。他决定找寻自己丢失的记忆。
随后发生拜访儿时玩伴李杰事件、重回**爆炸事件并留下烟疤、询问母亲事件、拜访儿时玩伴余娜事件。这时候才知道，余娜没能等到他，继续受到他变态的父亲迫害，生活的非常窘迫。
就在第二天，羞愧加上对现实失望的余娜自杀了，苏大受震动，决定回到过去，改变未来！
他回到了地窖**电影事件，帮助余娜免受她父亲的虐待，还她美好童年，结果回到现实，发现一切都改变了。因为他的插手，余娜有了幸福的童年，并和他成为恋人。
不过遗憾的是，余娜的哥哥却因此加倍受到父亲的毒打，成为了坏人，并打算杀了苏。苏反击，失手杀了余浩，最终被捕入狱。
这不是苏想要的结局，于是，他打算再次会到过去。可惜让母亲送来的笔记本，却被监狱里的恶霸抢去，为了让信仰基督教的狱友帮助他，他只能通过抢来的一页日记，回到小时候的幼儿园。然后留下伤疤，来让狱友相信帮助他是上帝的旨意。
成功后，苏重回到了烧狗事件。
他交给李杰一个锋锐的利器，本意是让他割断装狗的袋的绳，结果李杰却因为余浩害他早晨那次**爆炸事件，因而怀恨在心，把余浩失手杀了。
这又不是苏想要的结局。
0056【五天650万】
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结局始终不完美。
于是苏打算向精神病父亲求助，因为他猜到了父亲应该跟他有一样的能力，他回到了6岁时发生的精神病院探望父亲事件。父亲告诉他，除非他死了，否则无法改变，事情只会越变越糟糕，并打算杀了苏以绝后患，最后被看守员将父亲失手打死。
苏不相信这一切，他坚持能改变未来，他去拜访了因为余浩的死，生活变得一团糟的余娜，现在是妓~女。这让苏更加强了，要改变世界的想法。
于是再一次，苏回到了**爆炸事件，但是因为记忆模糊的缘故，他让余浩救了在爆炸死去的人，自己却意外被爆炸波及。
等他回到现实，赫然发现，自己成了残疾人，而自己暗恋的余娜，却与李杰走到了一起。他相信了父亲的话，改变过去只会让未来越变越糟糕。他打算自杀，却被同学所救。没死成的苏见到了住院的母亲。
从这里开始，万小虎设计了两个结局，黑暗版如下。
母亲因为他的受伤，而染上烟瘾，最终导致肺癌。使得苏万分抱歉，觉得自己是最大的原罪，但是却不能这样自杀了之，应该回到过去，在胎儿时期就结束自己的生命。
于是他利用母亲诉述他是如何出生的机会，就像是在读日记一般，集注意力，回到了母亲快要生他的时候，用脐带累死了自己，导致流产。从此，世界上没有苏这个人了……
而开放版则换了一个结局。
母亲因为他的受伤，而染上烟瘾，最终导致肺癌。苏向母亲倾诉，想要这样了结一生，但是母亲用爱让他振作，使他有了最后一次改变世界的决心。他让母亲告诉他，在幼儿园血腥画事件发生的那天，他上学时的情景。
原本的记忆，他画了一幅非常血腥的画，从此开始了悲剧的命运。
这一次，他没有再画血腥的画，他画了一个小男孩，和一个小女孩，手牵着手。
“结尾的处理，正好在加上一个对电影名字的解释：一只南美洲亚马孙河流域热带雨林的蝴蝶，偶尔扇动几下翅膀，可以在两周以后引起美国德克萨斯州的一场龙卷风。一副幼儿园时候的涂鸦，也许可以改变所有人的命运……”
“然后给一个未来的特写镜头，这幅画挂在墙上，旁边还有苏和余娜的结婚照，以及四个好朋友的照片……”
这个万小虎版本的《蝴蝶效应》，在主要剧情上并没有做颠覆性改变，因此逻辑上依旧是完整的。同时为了应付内地审核的环境，电影**、脏话等镜头，万小虎已经极力的通过侧面镜头弱化。
万小虎相信，这一版的《蝴蝶效应》，即便不能超越老版，也绝对不会有什么差距。
时间就在设计分镜头脚本慢慢度过。
当晚，喝的醉醺醺的李侠回来，带给万小虎一个好消息，央视已经有了购买《独自等待》的意向，现在就差临门一脚，再公关公关，一百万就能到手。这个好消息才说完，万小虎的电话就响了。
于东打过来，又是一个好消息：“老弟，哈哈，你猜猜我打给你要说什么。”
万小虎打个哈哈说：“左右不过是说《独自等待》票房那点事。”
“什么叫那点事，这是大事！算了，老弟你太不懂配合了，我就直说了吧。《独自等待》从5月10号上映，到今天5月17号，一个星期没结束，票房也只统计了前五天，你知道是多少吗？”于东的话，充斥着一股兴奋劲。
“300万？”万小虎给出了一个大胆的猜测，这年头一部国产电影的票房，能超过1000万就是厉害了。
于东在电话那头大喊：“老弟，人有多大胆地有多大产，你的预测太保守了！再猜！”
“500万？”万小虎声音都高了三分。
“是650万！五天时间，650万人民币！赚翻了！”于东哈哈大笑，“你不知道，我现在在金陵，现在媒体上不需要我安排人炒作了，都自发的开始报道我们的电影。昨天，就在昨天，《独自等待》第一次把电影院坐满，现在口碑和票房都爆发了，我们发达了！”
“啊，哈哈！”万小虎也跟着笑起来，五天时间650万，要是完整一周的话，岂不是还能再加个一百万左右，电影简直就是太火爆了。
“不跟你多说了，老弟你就偷着乐吧，我还要去请几个发行商吃饭，准备看看能不能再把电影开到县城小影院去！”
等于手机里传来嘟嘟嘟的忙音，万小虎脑海里立刻闪过了一个念头：“丰收的时刻到了！”
“李侠，还能不能再喝了，我请客，去喝两杯！”
李侠早就喝的晕晕乎乎，闻言，脸都白了：“饶了我吧，再喝我就要去跟阎王爷的女儿搞对象了。”
“刚才于东打电话来，《独自等待》五天票房已经累积了650万，这么大的喜事不去喝两杯怎么行呢，一起去。”
“靠，650万了？你怎么不早说，走，喝酒去！”李侠立刻生龙活虎起来。
……
好消息远远不止这些，第二天，万小虎就发现了，许许多多的同学都打来电话，向他道贺。
“老虎，报纸我看到了，五天650万，冯小岗的《没完没了》也没这么凶狠啊。”
“老虎哥，厉害了，票房过一千万是肯定的事了，别忘了你和苏制片答应过，邀请我们吃大餐！”
“万导，恭喜你啊，电影大卖，有合适机会，恳请给小弟一个角色哦。”
连大伯都打来电话：“小虎，他们都说你的电影拍的好，没给我们老万家丢人。现在你爷爷逢人就夸，说他孙是大导演，好好干，争取拍出更多优秀电影。”